A plébánia megalapítását 1777-ben Szent József titulussal, Batthyány József hercegprímás rendelte el. Az itt szolgáló plébánosok, káplánok és a hívek első közös munkája a templomépítés volt. Nagy próbatételt jelentett az 1838. évi nagy pesti árvíz. Sok lelkierő kellett az újjáépítéshez. 1846-ban már 20.000 főt számlált az itt élő háromnyelvű, békében összekovácsolódott közösség. Az 1848-as szabadságharc és az utána következő politikai megtorlás nem kímélt sem civilt, sem papot. Mindez nem tántorította el az itt élőket, és a plébániai élet virágzott, lelkesedésük 1895-ben a templom felújítását eredményezte. A századfordulóra a plébánia a világ egyik legnagyobb egyházközsége lett, 12 káplánnal látta el feladatát. Ekkor épült meg az új, ma is működő plébánia épület. Az I. világháború után a hitéletben a szociális segítő és karitatív csoportok létrejötte volt jellemző.

Az 1945. utáni időkben a kommunista diktatúra nyílt, majd burkolt egyházüldözése alatt is élt a plébánia. Ide látogatott 1984-ben Roger Schütz, amikor még nem mondhatott beszédet (az állam nem engedte), de együtt imádkozott a józsefvárosiakkal. 1985-ben megtörtént a templombelső tatarozása és az új liturgikus tér kialakítása Sedlmayer János és felesége tervei alapján. A szembemiséző oltár és az ambo carrarai márványból készült, felszentelését Paskai László bíboros végezte 1988-ban. Kalkuttai Boldog Teréz Anya ide látogatott 1986-ban, pedig az állami hatóságok tagadták a szegénység létét. Második látogatásakor négy nővért hagyott itt, néhány évre rá pedig házat alapított a közeli Tömő utcában. A hajléktalanok lelki gondozása 15 év óta, a nekik szóló vasárnapi szentmisével történik plébániánkon.

Az 1989-es változás szelét érezve az újjáéledés egyik pilléreként itt indult meg a női szerzetesközösségek reorganizációja a Szociális Testvérek Társulata segítségével. Jean Varnier a Hit és Fény közösség alapítója a magyarországi csoportnak itt beszélt Isten atyai szeretetéről 1987-ben. Giovanni Salerno atya a Harmadik Világ Szegényeinek Szolgái mozgalom alapítója is többször látogatott el plébániánkra, és itt, az Őr utcában hozta létre első magyarországi központját.

Ugartörők voltak hitoktatóink is, amikor 1990-ben megkezdték az önkormányzati iskolákban és óvodákban a hitoktatást. Márkón (Veszprémi Érsekség) a józsefvárosi hívek sok munkával nyári hittantáborok és lelkigyakorlatok számára alkalmassá tették a plébánia épületet. Ezzel csaknem egy időben felvetődött a roma pasztoráció plébánia szintű kialakítása. Híveinkből alakult Egyesület felvállalta az ebben való segítést. Ezt a munkát a CCIT-vel (nemzetközi katolikus bizottság a cigányokért) szervezet irányelvei szerint végezzük. 1994-től önálló helyen működik az Itiner program (régebben a Korányi Sándor, jelenleg az Illés utcában), mely sokoldalúan segíti roma testvéreink beilleszkedését az Egyházba, társadalomba.

Szlovák szentmiséket tartunk 8 éve minden hónap első vasárnapján a köztünk élő szlovák nemzetiségiek gyökereinek ápolására. A Budapesten tartózkodó csángók lelki gondozására minden hónapban román nyelvű szentmisének adott otthont templomunk. Újjá szerveződött a karitatív tevékenység, Teréz Anya lelkisége és tanítása szerint. Ebbe a munkába bekapcsolódtak plébániánk híveiből alakult civil alapítványok is. A jobb kommunikáció érdekében 1996-ban újraindult az Egyházközségi Tudósító.

Felismerve a mai kor emberének igényét a személyességre, plébániánk kitárta kapuit a lelkiségi mozgalmak előtt. Elsőként a Regnum Marianum csoportjainak adott otthont, 1983-tól minden évben itt tartja december 8-i fogadalomújítását és a nagyközösség 1987. óta itt kapott helyet és vendéglátást II. szerdai összejöveteleinek. 2001-ben megalakult a helyi, Józsefvárosi Regnum Marianum. Újjá éledt a cserkészcsapat, Pázmány Péter nevét viseli és a KIOE (Munkás Ifjak Országos Egyesülete) is. Családközösségek jöttek létre: egy Regnumhoz csatlakozó és egy plébániai csoport. A Kolping családközösség lelkes támogatója lett minden plébániai megmozdulásnak. A Házas Hétvége és Fokolár mozgalom is helyet kapott plébániánkon. Nagy kincset jelent a nehéz időkben is kitartó Szent Skolasztika Énekes Liturgikus Közösség. Keresztény Értelmiségiek Szövetsége mozgalom is színvonalasan működik, megalakult a KÉSZ Józsefvárosi Csoportja. Teréz Anya világi munkatársai, akik mindig megtalálják az éppen szükséges tennivalót, létrehozták a telefonos imavonalat, mely most már éjjel-nappal üzemel. Már külföldről is kérik az imában nyújtott segítséget. 2000-ben azon kevesek között voltunk, akik plébániai zsinatot tartottak. 2002-ben létrehoztuk a Józsefvárosi Élő Kövek alapítványt, a templom esedékes külső tatarozására. 2003-ban missziós hetet tartottunk, megszólítva a közösséghez még nem tartozókat. Nyolc plébániai nap után 2005-ben nemzetiségi hetet hirdettünk az itt élt ősök emlékére (szlovák, horvát, német, roma).